La primera gran polémica llegó antes incluso de que comenzara el torneo. El 5 de junio, seis días antes de la inauguración en el estadio Azteca, el árbitro somalí Omar Abdulkadir Artan fue deportado del aeropuerto de Miami tras ser interrogado durante 11 horas. Según la versión oficial, la deportación obedeció a "problemas de verificación" relacionados con sus antecedentes. Artan, de 34 años y recientemente reconocido como el mejor colegiado de África, habría sido el primer árbitro nacido en Somalia en dirigir un partido en un Mundial, según reportes de El País.

La política migratoria estadounidense, especialmente agresiva contra nacionalidades como la somalí, truncó su participación en el torneo. El caso generó tal revuelo que la UEFA le designó como árbitro de la final de la Supercopa de Europa entre el PSG y el Aston Villa, programada para el 12 de agosto en Salzburgo, Austria. Artan fue recibido como héroe en el estadio nacional de Mogadiscio tras su regreso.

Las deportaciones no se limitaron a árbitros. Aymen Hussein, capitán de la selección iraquí, fue retenido durante más de siete horas en el aeropuerto internacional de Chicago. Las selecciones de Uzbekistán y Senegal fueron retenidas por la policía y registradas con perros en sus respectivas sedes en territorio estadounidense. La selección de Irán, por su parte, fue aislada durante toda su participación mundialista en México, alojada a varias horas en avión de los estadios donde disputaba sus partidos, debido a la fuerte tensión política entre su gobierno y la administración Trump.

El escándalo más grave del torneo involucró la intervención directa del presidente Trump en una decisión arbitral. Durante el partido de dieciseisavos de final entre Estados Unidos y Bosnia-Herzegovina, el delantero estadounidense Folarin Balogun fue expulsado con tarjeta roja directa por el árbitro brasileño Raphael Claus tras una acción revisada por el VAR, coordinado por el venezolano Juan Soto. La infracción consistió en que Balogun arrastró sus tacos desde la parte inferior del gemelo hasta el talón del defensor bosnio Tarik Muharemovic.

Pese a quedarse con un jugador menos, Estados Unidos ganó 2-0 y avanzó a octavos de final. Sin embargo, horas antes del encuentro de octavos contra Bélgica, Trump llamó directamente a Gianni Infantino, presidente de la FIFA, para solicitar que se revisara la jugada. En una decisión sin precedentes en la historia de los Mundiales, la FIFA levantó el castigo a Balogun y anuló los efectos de la tarjeta roja, eliminando así la suspensión de dos partidos que le correspondía.

Trump reconoció públicamente su intervención desde el Despacho Oval: "Lo único que hice fue pedir que se revisara la jugada, porque no me pareció falta... Y bueno, creo que tengo buen ojo para estas cosas". Añadió: "Yo ni siquiera sabía qué demonios era una tarjeta roja. Cuando me lo explicaron, pensé que era una broma, que me estaban tomando el pelo. En definitiva, la decisión del árbitro me pareció horrible. Luego miré su historial y, bueno, digamos que no era precisamente el mejor".

La injerencia presidencial desató una oleada de indignación en Bélgica. La federación nacional belga (RBFA) envió una carta a la FIFA solicitando explicaciones e impugnando la decisión. El órgano dirigido por Infantino declaró "inadmisible" la petición argumentando que "Bélgica no era parte en el procedimiento y, por tanto, carecía de legitimación para recurrir el fallo". Balogun terminó jugando en octavos, pero Estados Unidos cayó con estrépito 1-4 ante una selección belga encendida por la polémica.

La inconsistencia en la aplicación de normas quedó expuesta dos días después. Jarell Quansah, defensor inglés del Bayer Leverkusen, fue expulsado con tarjeta roja directa en el partido de octavos entre Inglaterra y México en el estadio Azteca. A pesar del precedente fresco del caso Balogun, la FIFA no aplicó el mismo procedimiento y Thomas Tuchel no pudo contar con su lateral derecho titular en cuartos de final ante Noruega ni en semifinales contra Argentina.

Más allá de las polémicas políticas y disciplinarias, el torneo introdujo cambios radicales en el formato de juego que generaron descontento generalizado. Tras estrenar el formato de 48 selecciones —16 más que en ediciones anteriores—, la FIFA implantó desde el inicio del torneo dos pausas de hidratación por encuentro, independientemente de las condiciones climatológicas. Esta medida transformó los partidos de dos tiempos de 45 minutos a cuatro cuartos de 22 minutos y medio, separados por espacios publicitarios en las señales televisivas mundiales.

El descontento aumentó a medida que avanzaba el torneo. Desde la mitad de la fase de grupos, los asistentes a los estadios abucheaban estas interrupciones cada vez que el árbitro las señalaba. A dos días de la final en el MetLife Stadium de Nueva Jersey, la FIFA anunció que el último descanso del torneo duraría 17 minutos en lugar de los 30 rumoreados, tiempo que consideró suficiente para montar y desmontar el macroescenario donde actuarían Shakira, Justin Bieber, Madonna y el grupo de K-pop BTS mientras los jugadores de España y Argentina recuperaban fuerzas.

El torneo, que contó con la participación de 48 selecciones en lugar de las 32 tradicionales, ha dejado un legado complejo: mientras que las grandes estrellas sostuvieron el espectáculo sobre el césped hasta el último día, las polémicas políticas, las decisiones arbitrales inconsistentes y los cambios controvertidos en el formato han cuestionado la integridad competitiva y la equidad del evento más importante del fútbol mundial.